韓春雨基因編輯技術恐遭棄用，大面積無法重復實驗
日期：2016/10/12
導讀：科學家必須自律，行業(yè)要有行規(guī)。
編輯：鐘慶輝
來源：澎湃新聞
因為大面積無法重復實驗，作者和所在單位又不出面應對質疑聲，河北科技大學副教授韓春雨領銜的NgAgo基因編輯技術的重復工作已經遇冷。
韓春雨
自2016年5月2日在《自然-生物技術》在線發(fā)表論文，NgAgo已經問世5個月，韓春雨在論文中描述的NgAgo是一項和目前主流的“基因魔剪”CRISPR擁有同樣效率的基因編輯技術，能高效地實現(xiàn)對特定DNA片段的敲除、加入。
但在近日哥本哈根舉辦的“CRISPR Genome Editing（CRISPR基因編輯）”大會上，美國、丹麥、德國在基因編輯領域頂尖的實驗室參會，卻無人提及NgAgo。
美國生物學家張鋒、詹妮弗·杜德娜（Jennifer Doudna）、喬治·丘奇（George Church）各自所在的實驗室是基因編輯領域的權威。知情人士向澎湃新聞（www.thepaper.cn）透露，張鋒實驗室無法重復NgAgo實驗，丘奇實驗室聽聞諸多實驗室無法重復后，保持觀望。有消息稱，在今年8月召開的一次重量級內部學術會議上，詹妮弗在問答環(huán)節(jié)被問及是否重復NgAgo成功，她的回應是否定，澎湃新聞尚未證實這一傳言。
NgAgo不僅在國外遇冷。9月27－28日，“中國科協(xié)第114期新觀點新學說學術沙龍”召開，主題是“基因組編輯新技術的興起將帶來的沖擊”。這并非一次沒有分量的學術沙龍，國內各大高校、機構近30位基因編輯領域的學者聚集于此，其中包括北京大學生命科學學院教授、中科院院士許智宏以及華大基因楊煥明院士在內。韓春雨不在出席代表之列。
澎湃新聞（www.thepaper.cn）采訪到3位國內基因編輯領域的實驗室PI（項目負責人），他們大多堅持不懈地重復了近兩個月甚至更久，有的重復了幾十次NgAgo實驗，投入科研經費20萬元；有的在幾百個小鼠基因、動物胚胎上試驗NgAgo技術，花費10多萬元。令他們失望的共同結果是：NgAgo實驗不奏效。
“據(jù)我了解，絕大多數(shù)實驗室都已停止對NgAgo的重復。”其中一位PI告訴澎湃新聞，實驗室還有其他項目，沒有再多的精力和財力投入到NgAgo之中。
因為不愿被過多打擾和迫于壓力，3位實驗室PI都要求匿名。
可能有“幾百家”實驗室重復實驗，總耗資“幾億美元”
來自內陸某高校的這位實驗室PI是最早進行NgAgo重復實驗的科研人員之一。他告訴澎湃新聞，在韓春雨論文在線發(fā)表的第三天，他看到了論文，并在當天晚上提交了實驗設計，讓學生開始重復實驗。論文所描述的NgAgo性能強大，他覺得興奮，直觀的反應是生理性的，“雞皮疙瘩起了一身”，“我說‘太好了’，一宿幾乎沒睡。我是基于科學的激動。”
反差是巨大的。整個5月份，他做了12輪重復實驗，都失敗。再做，失敗，再做，四個月時間里累計做了數(shù)十次，花了20萬（含人工費），全部重復實驗都失敗了。
另一位來自沿海地區(qū)的實驗室PI也在文章剛發(fā)表后就去合成質粒，這是NgAgo重復實驗必需的材料。他開始在小鼠基因上重復實驗，每批幾十、上百個小鼠基因，按照韓春雨論文的實驗步驟操作，想看看NgAgo的切割效率如何。兩周后，第一批實驗結果出來，沒有一個小鼠基因出現(xiàn)了被編輯的跡象。
他去問了一圈領域內熟識的同行，“他們都沒重復出來”，有的到Figuer3C（圖3C）能重復，但一做測序都是假陽性。
是不是沒有注意到什么細節(jié)？他去韓春雨所指定的生物公司合成質粒，把小鼠細胞替換成293人類細胞，“完全按照他（韓春雨）一模一樣”地重復實驗，還是失敗。反反復復，總共分別做了7、8次小鼠和人類細胞，無一例外地失敗。
10多萬人民幣、操作重復實驗的學生幾十天的時間、實驗室其他項目放緩的進度，這些都折算在重復NgAgo實驗失敗的成本里。
這位PI向澎湃新聞表示，NgAgo實驗是工具性的、定性定量的，正是因為韓春雨在論文中所描述的NgAgo太高效了（21.3%41.3%），并在40多個位點都保持高效率，還沒有序列限制，所以全球基因編輯領域的實驗室才立即跟進。
“如果說一般般的效率，沒人會去重復，因為大家用CRISPR已經用得很好?！彼浪悖瑖鴥韧庥袔装賯€實驗室進行NgAgo實驗，加上人力成本，所耗費的資金或許可達幾億美元。
第三位實驗室PI來自北方某研究機構，他沒有統(tǒng)計過實驗室為NgAgo投入了多少錢，“肯定的是，至少有一個學生兩個月的時間浪費在上面，而且我們在合成基因上也花了不少錢，做了很多小鼠實驗，這個花費會更多一些。我們做了好幾百個胚胎，沒有確切的結果。所以還是比較令人失望的事情。”
“我有兩個學生，獨立地在重復，嚴格地按照他（韓春雨）發(fā)表的細胞系，他發(fā)表的序列和他描述的方法，我們也嘗試了去改進，但沒有陽性結果。所以我們也就不想再在這上面浪費時間了?！边@位PI說，整個過程他經歷了從驚訝、興奮到最后的失望。
PI們的一些反駁和疑惑
疑惑和爭議還不只是對待屢試屢敗的重復實驗結果。上述實驗室PI們對韓春雨的一些說法進行了反駁。
韓春雨公開回應，實驗需要“高超的技巧”，并曾向澎湃新聞表示，80%的重復實驗是因為細胞被污染，因為總是學生在操作實驗，沒有接受過嚴格的科研訓練。來自沿海地區(qū)的這位PI則告訴澎湃新聞，NgAgo實驗很簡單，“隨便一個新入學的博士，訓練一個星期就可以做得很好”，并提及完成整個實驗僅需一個星期，并非韓春雨所說“一個月還沒做完一輪”。
對于涉及“實驗機密”問題，該PI表示，“不存在保守技術涉密的，保守技術就不要發(fā)文章，僅申請專利也行”，論文一旦刊發(fā)，意味著有義務在科學共同體內共享能讓實驗順利進行的信息。這對作者而言并非沒有益處，能讓更多的同行重復成功，可以建立起自己在科學共同體內的聲譽，這對科學家來說并非可有可無，而是至關重要的，關系到今后學術論文發(fā)表。
作為解決同一問題的技術，CRISPR在誕生之初是不是如韓春雨所說效率“只有1%”？上述PI告訴澎湃新聞：“CRISPR在一兩周內就重復出來了，而且開放共享。剛出來的效率非常高，而且意外地高，我們都很驚訝。”
是否有陣營之間相互打壓之說？在網(wǎng)絡流傳的一段電話錄音里，韓春雨對一位外校學生表示，NgAgo的成功會讓CRISPR陣營失去上億元，暗示CRISPR陣營正在打壓NgAgo。來自北方某個研究機構的PI否定了這個說法，“科學就是就事論事，你別提以前誰做什么的。根本不是陣營的問題，這就是科學?！?
在韓春雨共享給同行的質粒上，兩位PI無一不表示了困惑。
其中一位PI透露，自己曾派學生前往石家莊，希望韓春雨能提供論文中的質粒，但拿回去后PI發(fā)現(xiàn)，“他沒有給我們這個原本的質粒，他給的是一個編碼酶的基因在細菌里表達的載體（論文中為在人類細胞表達的載體）?！倍鳱gAgo酶要工作，必須在一個合適的載體上。
另一位PI反映了類似的信息，PI的一位同行朋友同樣派人去了石家莊，但“韓春雨給的質粒信息不全，都很奇怪。有的質粒沒有promoter（啟動子）有些沒有stop codon（終止密碼子）（注：這兩個等同于“開關”，沒有前者基因不能表達成蛋白質，沒有后者蛋白質翻譯無法停止）?！?
PI們都向澎湃新聞表示了擔憂，NgAgo技術的大面積無法重復或將影響中國科研者整體的國際學術聲譽，“以后看到中國出來的（論文）都會懷疑一下?！?
“我覺得確實，重要的是，國內的這個領域應該是有一個明確的聲音來質疑這件事情，否則大家會覺得中國的這個領域是沒有客觀性的。也就是說，你可能需要一個自我糾錯能力吧？”其中一位PI說。
在“中國科協(xié)第114期新觀點新學說學術沙龍”上，數(shù)十位基因編輯領域專家達成了八條共識，其中包含了以下內容：
"科學家必須自律，行業(yè)要有行規(guī)，基因組編輯技術威力巨大，科學工作者應加強自身的科學素養(yǎng)，摒棄急功近利，認真踏實、穩(wěn)扎穩(wěn)打地做好研究，努力建設培養(yǎng)良好的學術風氣和研究氛圍?！?
導讀：科學家必須自律，行業(yè)要有行規(guī)。
編輯：鐘慶輝
來源：澎湃新聞
因為大面積無法重復實驗，作者和所在單位又不出面應對質疑聲，河北科技大學副教授韓春雨領銜的NgAgo基因編輯技術的重復工作已經遇冷。
韓春雨
自2016年5月2日在《自然-生物技術》在線發(fā)表論文，NgAgo已經問世5個月，韓春雨在論文中描述的NgAgo是一項和目前主流的“基因魔剪”CRISPR擁有同樣效率的基因編輯技術，能高效地實現(xiàn)對特定DNA片段的敲除、加入。
但在近日哥本哈根舉辦的“CRISPR Genome Editing（CRISPR基因編輯）”大會上，美國、丹麥、德國在基因編輯領域頂尖的實驗室參會，卻無人提及NgAgo。
美國生物學家張鋒、詹妮弗·杜德娜（Jennifer Doudna）、喬治·丘奇（George Church）各自所在的實驗室是基因編輯領域的權威。知情人士向澎湃新聞（www.thepaper.cn）透露，張鋒實驗室無法重復NgAgo實驗，丘奇實驗室聽聞諸多實驗室無法重復后，保持觀望。有消息稱，在今年8月召開的一次重量級內部學術會議上，詹妮弗在問答環(huán)節(jié)被問及是否重復NgAgo成功，她的回應是否定，澎湃新聞尚未證實這一傳言。
NgAgo不僅在國外遇冷。9月27－28日，“中國科協(xié)第114期新觀點新學說學術沙龍”召開，主題是“基因組編輯新技術的興起將帶來的沖擊”。這并非一次沒有分量的學術沙龍，國內各大高校、機構近30位基因編輯領域的學者聚集于此，其中包括北京大學生命科學學院教授、中科院院士許智宏以及華大基因楊煥明院士在內。韓春雨不在出席代表之列。
澎湃新聞（www.thepaper.cn）采訪到3位國內基因編輯領域的實驗室PI（項目負責人），他們大多堅持不懈地重復了近兩個月甚至更久，有的重復了幾十次NgAgo實驗，投入科研經費20萬元；有的在幾百個小鼠基因、動物胚胎上試驗NgAgo技術，花費10多萬元。令他們失望的共同結果是：NgAgo實驗不奏效。
“據(jù)我了解，絕大多數(shù)實驗室都已停止對NgAgo的重復?！逼渲幸晃籔I告訴澎湃新聞，實驗室還有其他項目，沒有再多的精力和財力投入到NgAgo之中。
因為不愿被過多打擾和迫于壓力，3位實驗室PI都要求匿名。
可能有“幾百家”實驗室重復實驗，總耗資“幾億美元”
來自內陸某高校的這位實驗室PI是最早進行NgAgo重復實驗的科研人員之一。他告訴澎湃新聞，在韓春雨論文在線發(fā)表的第三天，他看到了論文，并在當天晚上提交了實驗設計，讓學生開始重復實驗。論文所描述的NgAgo性能強大，他覺得興奮，直觀的反應是生理性的，“雞皮疙瘩起了一身”，“我說‘太好了’，一宿幾乎沒睡。我是基于科學的激動。”
反差是巨大的。整個5月份，他做了12輪重復實驗，都失敗。再做，失敗，再做，四個月時間里累計做了數(shù)十次，花了20萬（含人工費），全部重復實驗都失敗了。
另一位來自沿海地區(qū)的實驗室PI也在文章剛發(fā)表后就去合成質粒，這是NgAgo重復實驗必需的材料。他開始在小鼠基因上重復實驗，每批幾十、上百個小鼠基因，按照韓春雨論文的實驗步驟操作，想看看NgAgo的切割效率如何。兩周后，第一批實驗結果出來，沒有一個小鼠基因出現(xiàn)了被編輯的跡象。
他去問了一圈領域內熟識的同行，“他們都沒重復出來”，有的到Figuer3C（圖3C）能重復，但一做測序都是假陽性。
是不是沒有注意到什么細節(jié)？他去韓春雨所指定的生物公司合成質粒，把小鼠細胞替換成293人類細胞，“完全按照他（韓春雨）一模一樣”地重復實驗，還是失敗。反反復復，總共分別做了7、8次小鼠和人類細胞，無一例外地失敗。
10多萬人民幣、操作重復實驗的學生幾十天的時間、實驗室其他項目放緩的進度，這些都折算在重復NgAgo實驗失敗的成本里。
這位PI向澎湃新聞表示，NgAgo實驗是工具性的、定性定量的，正是因為韓春雨在論文中所描述的NgAgo太高效了（21.3%41.3%），并在40多個位點都保持高效率，還沒有序列限制，所以全球基因編輯領域的實驗室才立即跟進。
“如果說一般般的效率，沒人會去重復，因為大家用CRISPR已經用得很好?！彼浪?，國內外有幾百個實驗室進行NgAgo實驗，加上人力成本，所耗費的資金或許可達幾億美元。
第三位實驗室PI來自北方某研究機構，他沒有統(tǒng)計過實驗室為NgAgo投入了多少錢，“肯定的是，至少有一個學生兩個月的時間浪費在上面，而且我們在合成基因上也花了不少錢，做了很多小鼠實驗，這個花費會更多一些。我們做了好幾百個胚胎，沒有確切的結果。所以還是比較令人失望的事情?！?/span>
“我有兩個學生，獨立地在重復，嚴格地按照他（韓春雨）發(fā)表的細胞系，他發(fā)表的序列和他描述的方法，我們也嘗試了去改進，但沒有陽性結果。所以我們也就不想再在這上面浪費時間了?！边@位PI說，整個過程他經歷了從驚訝、興奮到最后的失望。
PI們的一些反駁和疑惑
疑惑和爭議還不只是對待屢試屢敗的重復實驗結果。上述實驗室PI們對韓春雨的一些說法進行了反駁。
韓春雨公開回應，實驗需要“高超的技巧”，并曾向澎湃新聞表示，80%的重復實驗是因為細胞被污染，因為總是學生在操作實驗，沒有接受過嚴格的科研訓練。來自沿海地區(qū)的這位PI則告訴澎湃新聞，NgAgo實驗很簡單，“隨便一個新入學的博士，訓練一個星期就可以做得很好”，并提及完成整個實驗僅需一個星期，并非韓春雨所說“一個月還沒做完一輪”。
對于涉及“實驗機密”問題，該PI表示，“不存在保守技術涉密的，保守技術就不要發(fā)文章，僅申請專利也行”，論文一旦刊發(fā)，意味著有義務在科學共同體內共享能讓實驗順利進行的信息。這對作者而言并非沒有益處，能讓更多的同行重復成功，可以建立起自己在科學共同體內的聲譽，這對科學家來說并非可有可無，而是至關重要的，關系到今后學術論文發(fā)表。
作為解決同一問題的技術，CRISPR在誕生之初是不是如韓春雨所說效率“只有1%”？上述PI告訴澎湃新聞：“CRISPR在一兩周內就重復出來了，而且開放共享。剛出來的效率非常高，而且意外地高，我們都很驚訝?！?/span>
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在韓春雨共享給同行的質粒上，兩位PI無一不表示了困惑。
其中一位PI透露，自己曾派學生前往石家莊，希望韓春雨能提供論文中的質粒，但拿回去后PI發(fā)現(xiàn)，“他沒有給我們這個原本的質粒，他給的是一個編碼酶的基因在細菌里表達的載體（論文中為在人類細胞表達的載體）。”而NgAgo酶要工作，必須在一個合適的載體上。
另一位PI反映了類似的信息，PI的一位同行朋友同樣派人去了石家莊，但“韓春雨給的質粒信息不全，都很奇怪。有的質粒沒有promoter（啟動子）有些沒有stop codon（終止密碼子）（注：這兩個等同于“開關”，沒有前者基因不能表達成蛋白質，沒有后者蛋白質翻譯無法停止）?！?/span>
PI們都向澎湃新聞表示了擔憂，NgAgo技術的大面積無法重復或將影響中國科研者整體的國際學術聲譽，“以后看到中國出來的（論文）都會懷疑一下?！?/span>
“我覺得確實，重要的是，國內的這個領域應該是有一個明確的聲音來質疑這件事情，否則大家會覺得中國的這個領域是沒有客觀性的。也就是說，你可能需要一個自我糾錯能力吧？”其中一位PI說。
在“中國科協(xié)第114期新觀點新學說學術沙龍”上，數(shù)十位基因編輯領域專家達成了八條共識，其中包含了以下內容：
"科學家必須自律，行業(yè)要有行規(guī)，基因組編輯技術威力巨大，科學工作者應加強自身的科學素養(yǎng)，摒棄急功近利，認真踏實、穩(wěn)扎穩(wěn)打地做好研究，努力建設培養(yǎng)良好的學術風氣和研究氛圍。”
信息來源：醫(yī)學界
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